Menu

De week van Gaston Richelle, promovendus aan de UvA

Naam: Gaston Richelle
Leeftijd: 28
Vooropleiding: Radboud Universiteit Nijmegen
Beroep: Promovendus

Werkzaam bij: Universiteit van Amsterdam

Waarom heb je voor deze baan gekozen?
Ik wilde me graag vier jaar vastbijten in een uitdagend en ambitieus onderzoek, en dat kon op dat moment op de UvA.

Wat vind je het leukste aan je baan?
Nieuwe dingen ontdekken die eerder nog niet zijn gedaan vind ik zonder twijfel het leukste. Uiteraard gaat dat nooit zonder slag of stoot. Daarom kan promoveren soms wel eens een emotionele achtbaan zijn. Echter, de voldoening als iets lukt, daar doe je het voor! Daarnaast vind ik in mijn onderzoek de samenwerking met verscheidene bedrijven erg interessant.

We zijn bezig om peptiden, kleine eiwitten, te produceren en die vervolgens vast te zetten in een moleculaire steiger. Het resultaat kun je heel goed vergelijken met de structuur van een achtbaan! Het bovenste stuk van de spoor zit op 3 punten vast aan een soort steiger, waardoor de baan stabiel is. Zonder die steiger zou dit niet mogelijk zijn geweest, en zou het veel te gevaarlijk zijn om in ritje in die achtbaan te maken. Je moet je dan voorstellen dat in ons geval de baan het peptide is en de steiger een klein molecuul dat chemisch reageert met het peptide. Die ”stabiele” peptiden hebben in het algemeen hele goede eigenschappen en presteren veel beter als medicijn, omdat ze veel sterkere interacties kunnen aangaan met ”slechte” eiwitten die mensen ziek maken. Op die manier maken de steiger-peptiden dus ”slechte” eiwitten onschadelijk maken. Het uiteindelijke doel op de langere termijn is dus het vinden van nieuwe ringpeptiden die als medicijn kunnen dienen.

 

Maandag 

Onderweg naar Pepscan, een gespecialiseerd peptidenbedrijf in Lelystad, waar ik deze week mijn werkzaamheden ga uitvoeren. Zij zijn echte experts op het gebied van peptidechemie, dus ik ben erg blij met die optie. Het is een prachtige ochtend, hopelijk een voorbode voor een productieve dag!

 

 

 

 

In deze fase van mijn onderzoek ben ik veel bezig met het schrijven van artikelen. Ik ben ook gestart met het schrijven van mijn proefschrift. Dit artikel kan bijna verstuurd worden naar mijn professoren. Echter zal een foto van mijn laptop deze week nog wel vaker voorbij komen.

 

 

 

 

In de tussentijd laten we de synthesizer het praktische werk doen. Dit systeem is in staat om 12 verschillende peptiden, kleine eiwitjes, gelijktijdig te synthetiseren. Peptiden bestaan uit allemaal aminozuren, de bouwstenen van het leven, welke we dus één voor één laten reageren met elkaar om uiteindelijk tot een lange peptideketen te komen.

 

 

 

 

Het komt wel eens voor dat tijdens de peptidesynthese sommige aminozuren niet goed gekoppeld worden. Dit zorgt ervoor dat een gedeelte van je peptide net niet eruit ziet zoals je zou willen. Deze onzuiverheden probeer ik dan met behulp van chromatografie te verwijderen zodat ik met zuiver product verder kan werken.  Dit zijn overigens niet de peptiden van de synthesizer, deze moeten eerst nog overnacht gemaakt worden. Deze kan ik dan hopelijk morgen of overmorgen zuiveren.

 

 

Dinsdag 

De peptide die ik gisteren heb gezuiverd heb ik overnacht laten vriesdrogen. Met behulp van vriesdrogen kun je waterige solvents kwijt raken door sublimatie. Sublimatie is de directe faseovergang van een stof uit de vaste fase naar een gasvormige fase. Wat overblijft is het gezuiverde peptide in vaste vorm.

 

 

 

 

 

 

Ik heb het peptide van de vriesdroger afgehaald en nu ga ik kijken of de kwaliteit goed is. Dit doe ik met behulp van UPLC. Dit staat voor ultrahigh performance liquid chromatography en is een techniek waarbij retentieverschillen optreden van individuele componenten in een monster op basis van polariteit. Zoals je kunt zien, onderaan in het plaatje zie je het ‘’ruwe’’ peptide (het peptide dat nog gezuiverd moest worden) en bovenaan hoe hij er nu uitziet na zuiveren. De zuivering is dus gelukt, want het monster bestaat voor meer dan 90% uit de gewenste peptidesequentie, terwijl dat in het begin zo rond de 60% was.

De peptiden die ik gisteren aan het synthetiseren was zijn nu klaar. Daarom ga ik ze nu van de vaste drager afhalen en dat doe ik door middel van een afsplitsingsreactie die ongeveer twee uur duurt. Hierna gaat dit peptide aan de vriesdroger en deze kan vervolgens gezuiverd worden.

De rest van de dag hou ik mij bezig met schrijven van de publicatie. De dag gaat snel voorbij, zeker als je zowel dingen op het lab doet als in het kantoor schrijft!

Woensdag 

 

 

Vandaag ben ik begonnen met het ‘’in de steigers zetten’’ van mijn gezuiverde peptide. Zoals ik al zei, gaat het peptide dus een chemische reactie aan met een ander molecuul, waardoor hij als het ware vastgezet wordt en dus ook stabieler wordt. Echter, spectaculair ziet dat er in dit geval niet uit. Het is gewoon een kleurloze oplossing. Gelukkig maar, want een kleurtje in je reactiemengsel ziet er wel leuk uit maar vaak duidt het op onzuiverheden die aanwezig zijn! En terwijl het eruit ziet alsof er weinig gebeurd, weet ik dat er op moleculair niveau heel veel gebeurd! Dat kunnen we weer in kaart brengen met onze chemische analysemethoden zoals UPLC!

Ik heb vorige week een aantal peptiden in de steigers gezet en vandaag ga ik met behulp van een biologisch test kijken of ze actief zijn tegen een bepaald eiwit. Het lijkt erop dat dit peptide wel actief is, maar nog niet actief genoeg naar onze maatstaven. Echter ben ik wel al blij met dit resultaat! Het is natuurlijk heel speciaal als een van jouw eigen gemaakte peptiden echt biologisch actief is!

 

Het wel bekende plaatje weer. Ik ga weer verder met schrijven! 😉

Donderdag 

 

Deze dag ga ik beginnen met een hardlooprondje. Ideale manier om de dag te starten!!

 

 

 

 

 

 

 

 

Vandaag worden een aantal peptiden van mij in de syntheserobot gemaakt. Deze robot kan heel veel peptiden tegelijk maken (bijna 100 tegelijk!) maar wel in kleine hoeveelheden. Het mooie is dat je alleen de ‘’ingrediënten’’ hoeft voor te bereiden (dit zijn de aminozuren). Vervolgens vul je in een computer in welke ingrediënten je wilt toevoegen aan jouw peptideketen. De robot doet de rest en voegt alles heel nauwkeurig toe. In het videofragment kun je zien hoe dat in zijn werk gaat.

 

 

 

 

 

Vrijdag 

 

De peptiden die ik maandag heb gemaakt zijn klaar! Ik heb ze gezuiverd met behulp van chromatografie en nu zijn alle fracties droog. Volgende week kan ik weer aan de slag om deze peptiden in de steigers te zetten!

 

 

 

 

Terwijl ik morgen lekker weekend aan het vieren ben, vind ik het fijn om ervoor te zorgen dat er toch wat reacties instaan. Hier twee reacties waar ik twee steiger moleculen aan het maken ben. Deze reacties duren wat langer zodat ze perfect over het weekend kunnen staan. Dus eigenlijk ben ik toch een beetje aan het werk 😉

 

 

 

Ik krijg het altijd voor elkaar om in de loop van de week mijn werkplek om te bouwen tot een ‘’stort’’. Allemaal artikelen, analyses, memo’s die ik in de loop van de week heb verzameld. Daarom ga ik nu de laatste uurtjes dit weer even allemaal opruimen en ordenen, zodat ik maandag weer uit de startblokken kan vliegen!

Kijk ook eens op onze andere websites:

mijnscheikunde

sciencespace

natuurkundenl